|
---
|
Bc.
Monika
Jiráčková
|
M2
|
Ing. Barbora Svobodová
|
Tvorba identifikačního systému pro rod Cronobacter v programu BioNumerics
|
detail
Tvorba identifikačního systému pro rod Cronobacter v programu BioNumerics
Bakterie rodu Cronobacter jsou gram-negativní bakterie z čeledi Enterobacteriaceae. Jedná se o oportunní patogeny ohrožující převážně kojence a jedince s oslabenou imunitou. Rod v sobě zahrnuje sedm druhů, z nichž jsou s klinickými případy spojeny hlavně dva druhy, a to C. sakazakii a C. malonaticus. Cílem této práce je vytvořit identifikační systém v programu BioNumerics, jenž by byl schopen rozlišit druhy rodu Cronobacter na základě spekter naměřených metodou hmotnostní spektrometrie MALDI‑TOF. Pro vytvoření databáze bylo použito 31 kmenů Cronobacter spp. zastupující všechny druhy. BioNumerics nabízí několik možností identifikačních klasifikátorů: podle seznamů píků, na základě podobnosti za použití vhodného korelačního koeficientu a pomocí spektrálních dat. Možnosti klasifikace byly otestovány s původním nastavením nabízeným programem a s vlastním nastavením přizpůsobeným pro použitá data. Jako nejvhodnější se ukázal klasifikátor využívající spektrální data. Pomocí tohoto klasifikátoru bylo při identifikaci 33 kmenů nepoužitých pro tvorbu databáze správně určeno 84 % spekter. BioNumerics nabízí řadu přizpůsobení, jež slibuje vylepšení úspěšnosti identifikace. Vytvořená databáze by se dala využít pro identifikaci bakterií z klinických vzorků či vzorků potravin.
|
|
---
|
Bc.
Kateřina
Čamrová
|
M2
|
Ing. Kamila Zdeňková, Ph.D.
|
Izolace RNA viru SARS-Cov-2 z odpadních vod a kalů
|
detail
Izolace RNA viru SARS-Cov-2 z odpadních vod a kalů
SARS-Cov-2 patří mezi obalené viry s jednovláknovou RNA s pozitivní polaritou z čeledi Coronaviridae. Je původcem onemocnění COVID-19, které způsobuje přetrvávající celosvětovou pandemii. V rámci monitorování výskytu viru v populaci je kromě testování osob také možná analýza odpadních vod. Monitoring množství koronaviru v odpadních vodách může korelovat s počtem skutečně nakažených lépe než data z klinického testování, neboť vylučování viru do odpadních vod nezávisí na podstoupení vyšetření. Na analýzu odpadních vod v rámci projektu ARGTech se používá hlavní přítok na pražskou Ústřední čistírnu odpadních vod i odpadní vody z určitých lokalit (např. VŠ koleje, sídliště, centrum města atd.). V mé práci byl mimo odpadní vodu analyzován také primární kal, který je hlavním odpadním produktem v procesu čištění odpadních vod, do kterého se koncentrují nežádoucí složky (hrubé nečistoty aj.) obsažené ve vodě. Zachycují se v něm i virové částice SARS-Cov-2. Cílem práce je porovnat účinnost různých izolačních technik virové RNA z odpadní vody; případně porovnání přítomnosti virových částic v odpadní vodě vůči primárnímu kalu. Tato práce byla finančně podpořena grantem TA ČR č. SS01020112 „Technologie pro odstraňování antibiotické rezistence z čistírenských kalů používaných v zemědělství“.
|
|
---
|
Bc.
Jana
Krejčíková
|
M2
|
Ing. Jáchym Šuman, Ph.D.
|
Vliv rozkladu kořenové biomasy Helianthus annuus L. na složení mikrobiomu půdy
|
detail
Vliv rozkladu kořenové biomasy Helianthus annuus L. na složení mikrobiomu půdy
Rhizosféra je domovem obrovského množství mikroorganismů, které mají významný podíl na růstu, výživě a zdraví rostlin. Kompozice rhizosférních mikrobiálních komunit je ovlivňována přímo rostlinami, jelikož ty svými kořeny vylučují do okolní půdy látky sloužící jako zdroje uhlíku či energie pro půdní mikroogranismy a sloučeniny působící jako chemoatraktanty nebo naopak antibiotika. Tato práce se zabývá studiem struktury mikrobiálních komunit v půdě vystavené rozkladu kořenové biomasy různých kultivarů Helianthus annuus L. (slunečnice roční), které se od sebe liší metabolomickým složením svých kořenů. Cílem práce je poté blíže zjistit, jak se mění složení komunit prokaryot a hub v půdě s rozkládajícími se kořeny v čase, a zároveň identifikovat metabolity, které jsou v procesu utváření půdních komunit po úhynu slunečnic nejdůležitější. Tohoto cíle bude dosaženo pomocí molekulárně-biologické a následně bioinformatické analýzy sekvencí prokaryotních a fungálních taxonomických markerů (gen pro 16S rRNA a úsek ITS2) v souvislosti s výsledky z necílené metabolomické analýzy vzorků půdy pomocí HPLC/MS.
|
|
---
|
Bc.
Alena
Řápková
|
M2
|
Ing. Zita Holík Purkrtová, Ph.D.
|
Izolace lipidových tělísek chladově aktivních bakterií Arthrobacter GY26 a Arthrobacter CH07
|
detail
Izolace lipidových tělísek chladově aktivních bakterií Arthrobacter GY26 a Arthrobacter CH07
Lipidová tělíska jsou považována za samostatné organely, které se vyskytují u prokaryotických i eukaryotických mikroorganismů. Struktura lipidových tělísek se skládá z hydrofobního jádra, které je obklopeno fosfolipidovou monovrstvou s asociovanými proteiny. Lipidová tělíska u prokaryotických mikroorganismů mohou být dvojího typu. První typ lipidových tělísek obsahuje ve svém hydrofobním jádru triacylglyceroly či estery vosku. Druhý typ lipidových tělísek se nazývá PHA granule. PHA granule obsahují ve svém hydrofobním jádru polyhydroxyalkanoáty. Doposud není známo, zda kmeny Arthrobacter GY26 a Arthrobacter CH07 produkují lipidová tělíska. Pokud by lipidová tělíska byla produkována, mohla by obsahovat lipidy specifické pro mikroorganismy adaptované na chlad. Je známo, že tyto mikroorganismy obsahují lipidy vyznačující se vyšším počtem dvojných vazeb, etherovými vazbami a dalšími charakteristikami. Tyto lipidy by mohly sloužit k nahrazení rostlinných olejů při výrobě bionafty, polyhydroxyalkanoáty by mohly být použity při výrobě bioplastů. Cílem této práce je ověřit, zda vybrané kmeny chladově aktivních bakterií tvoří lipidová tělíska, a pokusit se o jejich purifikaci a charakterizaci.
|
|
---
|
Bc.
Michaela
Kubáňová
|
M2
|
doc. Ing. Jaroslav Zelenka, Ph.D.
|
Antibiofilmové účinky molybdenových klastrů
|
detail
Antibiofilmové účinky molybdenových klastrů
Vplyvom neustále rastúcej antibiotickej rezistencie je potrebné prichádzať s novými možnosťami likvidácie bakterií a bakteriálneho biofilmu. Práve bakteriálny biofilm disponuje zvýšenou mechanickou i biochemickou odolnosťou oproti samotným planktonickým bunkám a často stojí za šírením nozokomiálnych infekcií v nemocničnom prostredí.
Cieľom tejto práce bolo testovanie efektu klastrov na bázi molybdenu (Na2[Mo6I8(N3)6]) na rast bakteriálneho biofilmu. Princíp tejto metódy sa opiera o základy fotodynamickej terapie, kde vplyvom žiarenia s určitou vlnovou dĺžkou (400-460 nm) dochádza k excitácií klastru a k následnej tvorbe singletového kyslíka, ktorý je pre baktérie toxický. Zároveň voči týmto látkam nebola doposiaľ preukázaná tvorba rezistencie, vďaka čomu je tento spôsob inaktivácie baktérii veľmi atraktívny.
Vykonaných bolo niekoľko typov experimentov, ktoré poukazujú na antimikrobiálne účinky těchto látok, a to ako voči samotným planktonickým bunkám, tak i voči tvorbe biofilmu. Preukázaná bola fototoxicita v rádových rozdieloch, obzvlášť u zástupcov gram pozitívnych bakterí.
Následne bol skúmaný vplyv zloženia média na výsledný účinok týchto klastrov.
Ukázalo sa, že účinnost fotodynamickej terapie je ovplyvnená koncentráciou nutrientov a metabolických produktov v médiu.
![]()
|
|
---
|
Bc.
Barbora
Chylíková
|
M2
|
Ing. Michal Strejček, Ph.D.
|
Chemotaxonomická charakterizace nově izolovaných bakteriálních druhů z jáchymovských pramenů
|
detail
Chemotaxonomická charakterizace nově izolovaných bakteriálních druhů z jáchymovských pramenů
V Jáchymově se setkáváme s podzemními prameny bohatými na obsah radonu. Toto extrémní prostředí nabízí možnost výskytu unikátních mikroorganismů, které doposud nebyly taxonomicky zařazeny. Cílem této práce je chemotaxonomická charakterizace tří dříve nepopsaných bakteriálních druhů rodu Phenylobacterium. Konkrétně se jedná o izoláty 367 a 424, jejichž nejbližším typovým zástupcem na základě podobnosti sekvence genu pro 16S rRNA je P. immobile kmen E a izolát 420, který má za nejbližšího typového zástupce P. muchangponense kmen A8T. V rámci chemotaxonomické analýzy bylo stanoveno optimální růstové medium a optimální růstová teplota na 28 °C pro všechny tři izoláty. Biochemickými testy bylo zjištěno, že se jedná o gramnegativní, kataláza pozitivní a cytochrom c negativní kmeny. Za použití komerční soupravy API®ZYM byl stanoven enzymatický profil izolátů, který se skládal především z enzymů katalyzujících hydrolýzu peptidů a proteinů. Následně byl proveden test utilizace široké škály substrátů pomocí soupravy API®50CH, který prokázal sníženou schopnost izolátů utilizovat sacharidy. Výsledkem kompletní charakterizace izolátů bude podrobný popis všech třech kmenů a bude diskutována rozdílnost fylogeneticky podobných izolátů 367 a 424 pocházejících z odlišného zdroje.
|
|
---
|
Bc.
Manuela
Tadrosová
|
M2
|
Ing. Jáchym Šuman, Ph.D.
|
Metabolismus flavonoidů a jejich role v indukci aromatických dioxygenas v půdní bakterii Rhodococcus sp. C1
|
detail
Metabolismus flavonoidů a jejich role v indukci aromatických dioxygenas v půdní bakterii Rhodococcus sp. C1
Flavonoidy, sekundární metabolity rostlin plnící rozmanité ekologické funkce, představují potenciální induktory exprese genů bphA kódujících aromatické dioxygenasy, jež se podílí na degradaci aromatických polutantů, jakými jsou např. polychlorované bifenyly. Přítomnosti flavonoidů v rhizosféře v důsledku přirozené exudace kořenů tak lze využít k eliminaci těchto kontaminantů z životního prostředí. Tato práce je zaměřena na metabolismus flavonoidů v půdní bakterii Rhodococcus sp. C1 degradující spektrum organických polutantů. Z řady testovaných flavonoidů budou vybrány potenciální induktory exprese genu pro první a klíčový enzym této dráhy, tj. bifenyl‑2,3‑dioxygenasu (bphA). Míra exprese tří variant genu bphA přítomných v půdní bakterii Rhodococcus sp. C1 bude sledována na úrovni mRNA s využitím RT‑qPCR. Za tímto účelem byla navržena metoda izolace RNA, primery a podmínky qPCR. Sledování indukce exprese bifenyl‑2,3‑dioxygenasy vybranými flavonoidy je doplněno o stanovení schopnosti kmene C1 tyto flavonoidy utilizovat či transformovat. Takto bylo zjištěno, že kmen C1 je schopen utilizace flavanonu, naringeninu, katechinu a daidzeinu, a zároveň transformace flavanonu, naringeninu, katechinu, kvercetinu a luteolinu.
|
|
---
|
Bc.
Michaela
Neubergerová
|
M2
|
prof. RNDr. Olga Valentová, CSc.
|
Sekretuje Leptosphaeria maculans extracelulární váčky?
|
detail
Sekretuje Leptosphaeria maculans extracelulární váčky?
Leptosphaeria maculans je celosvětově rozšířený houbový patogen vyvolávající u rostlin z čeledi brukvovitých (Brassicaceae) onemocnění známé jako fómové černání stonku. Škody působí zejména na řepce olejce (Brassica napus), která je v současnosti jednou z nejpěstovanějších plodin vůbec. Epidemie fómového černání stonku dokážeme dnes poměrně úspěšně eliminovat pěstováním rezistentních odrůd, aplikací fungicidů nebo střídáním pěstovaných plodin. L. maculans však dokáže nastavenou rezistenci velmi rychle překonat. Je proto klíčové dále zkoumat molekulární mechanismy, které L. maculans při kolonizaci apoplastu hostitelské rostliny využívá. Jedním z nich by mohla být sekrece extracelulárních váčků.
Extracelulární váčky jsou sférické, membránou obalené útvary, sekretované z buněk do extracelulárního prostředí. Jejich obsahem jsou zejména proteiny, lipidy a nukleové kyseliny. Jsou běžnou součástí řady fyziologických i patologických procesů a jak bylo nedávno zjištěno, také interakcí rostlin s patogeny. Jelikož byl výzkum houbových extracelulárních váčků dosud zaměřen zejména na lidské patogeny, máme o váčcích produkovaných fytopatogenními druhy pouze velmi málo informací. Cílem této práce je izolovat extracelulární váčky produkované L. maculans a analyzovat jejich proteinový obsah.
|
