8:30
|
Bc.
Tereza
Svatoňová
|
M2
|
RNDr. Michal Kolář, Ph.D.
|
Struktura a dynamika zúžení peptidového tunelu v ribozomu
|
detail
Struktura a dynamika zúžení peptidového tunelu v ribozomu
Syntéza proteinů je pro život naprosto nezbytná, protože proteiny se účastní všech dějů v živých organismech. Klíčovou roli při proteosyntéze hraje komplex zvaný ribozom, který je zodpovědný za vznik peptidové vazby mezi jednotlivými aminokyselinami tvořícími proteiny. Tyto vazby vznikají hluboko v ribozomu a rodící se protein posléze putuje výstupním tunelem, který má proměnlivou šířku a v nejužším místě je tvořen ribozomálními proteiny uL22 a uL4. Význam tohoto zúžení zatím není známý. K lepšímu pochopení jeho významu nám mohou pomoci počítačové simulace, ty ovšem generují rozsáhlá data a je zapotřebí je efektivně a přesně interpretovat. Vhodným nástrojem k popisu struktury a dynamiky zúžení by měla být konstrukce Markovova stavového modelu (MSM), který v ideálním případě umožní zhrubený popis termodynamického a kinetického chování. Ještě před zahájením konstrukce MSM je vhodné simulace analyzovat pomocí střední kvadratické odchylky atomárních pozic (RMSD). Analyzována byla sada 4 trajektorií ribozomu, výpočty RMSD naznačují asi 4 hlavní konformace proteinu uL22 a asi 2 hlavní konformace uL4.
|
8:50
|
Bc.
Ondřej
Skládal
|
M1
|
doc. Ing. Dušan Kopecký, Ph.D.
|
Měření pohody prostředí pomocí meteorologické stanice
|
detail
Měření pohody prostředí pomocí meteorologické stanice
Cílem práce bylo vytvořit webovou aplikaci schopnou zpracovávat a zobrazovat data, naměřená meteorologickou stanicí Vantage Pro2 a senzorem kvality ovzduší Airlink od společnosti Davis Instrument. V samotném počátku řešení bylo nutné navrhnout, jaká data budou vykreslována, včetně jejich podoby, a to vše v závislosti na dostupném hardware a software. Ke zpracování a vykreslování bylo přistupováno více způsoby. V aplikaci se zobrazují jednak trendy vývoje veličin ve formátu *.png, které jsou generovány přímo na straně meteorologického serveru Meteoberry, který je propojen s konzolí Davis Vantage Pro2. Dále jsou zobrazovány aktuální hodnoty měřených veličin, které jsou získány z XML souboru, generovaného meteoserverem Meteoberry. Poslední způsob je sběr dat přímo z cloudu WeatherLink společnosti Davis Instruments. Na cloud jsou data průběžně nahrávána přes WeatherLink Live, což je samostatně fungující interní jednotka, schopná sbírat data z meteorologické stanice, či dalších přídavných senzorů. Součástí řešení je také popis probíhající komunikace, použitého software a hardware a postupu pro zobrazování meteorologických dat ve webové aplikaci.
|
9:10
|
Bc.
Markéta
Štejdířová
|
M1
|
doc. Mgr. Fatima Hassouna, Ph.D.
|
PLGA systémy s kolchicinem pro cílené dodávání léčiv
|
detail
PLGA systémy s kolchicinem pro cílené dodávání léčiv
Vývoj systémů pro dodávání léčiv založený na polymerních nanočásticích může řešit jednu z hlavních výzev při boji s rakovinou, a to zlepšení biologické dostupnosti léčiva v těle. Hlavním cílem je tedy vytvoření takového systému, který podpoří cílení léčiva a umožní mu kontrolované uvolňování. Zároveň musíme myslet na velkou toxicitu cytostatických léčiv a na možnosti ochrany zdravých buněk.
Kopolymer kyseliny glykolové a kyseliny mléčné (poly(lactide-co-glycolide) - PLGA) patří k nejpoužívanějším biologicky odbouratelným polymerům, pro jeho dobrou biologickou kompatibilitu a možnost kontrolovatelné degradace hydrolýzou. Další výhodou je možná úprava povrchu PLGA na požadované vlastnosti (např. zvýšení rozpustnosti). Uzavření kolchicinu do polymerního systému má potenciál z důvodu cytostatických účinků kolchicinu, ale zároveň pro snížení jeho vysoké toxicity.
|
9:30
|
Anna
Kovárnová
|
B3
|
Ing. Martin Isoz, Ph.D.
|
Redukce řádu modelu pomocí vlastního ortogonálního rozvoje s posuvem a umělých neuronových sítí
|
detail
Redukce řádu modelu pomocí vlastního ortogonálního rozvoje s posuvem a umělých neuronových sítí
Z důvodu nároků průmyslu 4.0 na digitalizaci vývoje technologií a pokročilé řízení systémů roste složitost modelů běžně využívaných v inženýrské praxi. To s sebou přirozeně přináší rostoucí výpočetní čas nutný k vyhodnocení těchto modelů, což komplikuje jejich využití v optimalizaci či řízení procesů. Jedním z možných řešení tohoto problému jsou metody redukce řádu modelu, které snižují výpočetní náročnost opakovaného vyhodnocení modelu při změně jeho parametrů. Jednou z rozšířených metod redukce řádu modelu je metoda kombinující vlastní ortogonální rozvoj (ang. proper orthogonal decomposition, POD) s Galerkinovou projekcí (GP). Tato metoda má však dvě hlavní omezení, (i) GP vyžaduje znalost rovnic popisující daný problém, a (ii) výstup redukovaného modelu vytvořeného POD je rekonstruován superpozicí v čase neměnných prostorových struktur, což se ukazuje jako nevhodné pro systémy s dominantním transportem. Cílem této práce je odstranění těchto dvou omezení, (i) nahrazením GP umělou neuronovou sítí, a (ii) kombinací POD s časově závislým transportním operátorem umožňujícím efektivní zpracování systémů s významnou transportní složkou. Vyvíjené metody a jejich výhody jsou ilustrovány na příkladech z oblasti výpočetní dynamiky tekutin.
|
9:50
|
Bc.
Ondřej
Golda
|
M2
|
Ing. Jan Vrba, Ph.D.
|
Systém pro měření objemového koeficientu přestupu hmoty
|
detail
Systém pro měření objemového koeficientu přestupu hmoty
Cílem tohoto projektu je sestavit funkční systém pro měření objemového koeficientu přestupu hmoty. Tento koeficient je klíčovým parametrem pro výpočet aerační kapacity bioreaktorů (fermentorů). Přímé využití je v navrhování fermentorů a určování optimálních rychlostí otáček míchadel. Projekt vychází ze zastaralého řešení tohoto systému, který byl umístěn v laboratořích chemického inženýrství (VŠCHT Praha) a je založen na úzké spolupráci s ústavem Chemického inženýrství na VŠCHT Praha.
Obsahem projektu je analýza zmíněného procesu měření objemového koeficientu přestupu hmoty s kolegy z chemického inženýrství, následně pak na základě zjištěných informací navržení a nákup všech potřebných zařízení pro stavbu celé aparatury a v neposlední řadě pak nastavení všech potřebných členů systému a tvorba softwarového řešení celého měření.
|
10:10
|
Bc.
Timotej
Piták
|
M2
|
Ing. Jan Vrba, Ph.D.
|
Path planning for microrobots
|
detail
Path planning for microrobots
Soft robotics is a relatively new field, so even their basic locomotion needs to be researched. The thesis provides an overview of the classic path planning approaches and investigates two of them on an automated platform for hydrogel microrobots. The algorithms were tested and compared by path length, computation time, and ability of robots to follow the path by calculating the ratio of planned path and actual path which the robot took. A* and the optimal version of rapidly exploring random trees (RRT*) were implemented for the experiment. Taken together, the findings suggest that A* is more suitable. Path length for five maps was always shorter with A*, and average computation time was 5.40 seconds, while rapidly exploring trees yielded results in 9.78 seconds. The ratio of the path was 0.51 and 0.57 using A* and RRT*, respectively. The final number is in favor of RRT*. However, RRT* had outliers present and the calculated values had high variance, while results using A* were approximately the same with low variance. This kind of unpredictability using RRT* is hardly desirable, so A* was also considered as better in this aspect. Thus, the A* is more appropriate for microrobots used for the thesisi.
|
10:30
|
Bahadir Mert
Erdugan
|
M1
|
doc. Mgr. Fatima Hassouna, Ph.D.
|
Preparation and characterization of PLGA microparticles for drug delivery
|
detail
Preparation and characterization of PLGA microparticles for drug delivery
Polymeric microparticles are very popular carriers that are used to enhance the bioavailability (e.g., poorly water soluble drugs) and the bio-distribution of the active pharmaceutical ingredients (APIs). Among the different types of polymers, poly(D, L-lactide-co-glycolide) (PLGA) is a widely studied and FDA-approved polymeric drug delivery vehicle. The main role of the PLGA is to carry and control the kinetics of the API release and therefore effective release of the API. Despite these advances, there is a lack of knowledge about the relationship between the structural features of the polymeric carrier, API–polymer miscibility, encapsulation efficiency, and API release profile. Therefore, as a model study, PLGA based microparticles were prepared by oil-in-water (o/w) single emulsion using four APIs (i.e., indomethacin, ibuprofen, naproxen, and paracetamol) at different API loadings. The effect of the processing conditions on the properties (shape, mean size, etc.) of the particles was studied. The drug loading, encapsulation efficiency, physico-chemical and solid state properties of the microparticles were investigated using various analytic techniques. The relationship between the latter properties and the API–polymer miscibility was established.
|
10:50
|
Bc.
Tímea
Mészárosová
|
M1
|
-
|
Modelovanie laboratórnej destilačnej kolóny v gPROMS ModelBuilder
|
detail
Modelovanie laboratórnej destilačnej kolóny v gPROMS ModelBuilder
Destilačný proces tvorí dôležitú súčasť mnohých priemyselných odvetví. Presný matematický model môže byť užitočný nástroj na simuláciu podmienok, ktorých identifikácia na fyzickom zariadení je nereálna alebo príliš finančne náročná. Preto sme sa rozhodli zostrojiť matematický model laboratórnej destilačnej kolóny v pokročilom programe gPROMS ModelBuilder, ktorý je navrhnutý pre modelovanie chemickotechnologických procesov. Vzhľadom na to, že destilačná kolóna je pomerne komplexný systém, celkový model bol vytvorení postupne a skladá sa z čiastkových modelov, ako napríklad varák, kondenzátor a destilačná kolóna. Navrhnutý model sa následne ladí podľa parametrov reálnej destilačnej kolóny. Funkčnosť vytvoreného modelu v programovom prostredí gPROMS ModelBuilder sme overili porovnaním simulačných výsledkov a experimentálnych dát. Vzhľadom na dosiahnuté výsledky možno konštatovať, že navrhnutý model má pomerne vysokú presnosť v porovnaní s reálnou destilačnou kolónou a verne opisuje jej správanie. Počas modelovania sme uvažovali separáciu binárnej zmesi metanol-voda. V budúcnosti by sme sa chceli daný model zovšeobecniť a aplikovať aj pre separáciu ďalších zmesí.
|