|
---
|
Bc.
Denisa
Adamcová
|
M2
|
prof. Ing. Tomáš Brányik, Ph.D.
|
Kultivace sinice Arthrospira maxima
|
detail
Kultivace sinice Arthrospira maxima
Tato práce se zabývá optimalizací kultivačních podmínek nutraceuticky využitelné cyanobakterie Arthrospira maxima, známější především pod názvem „spirulina“. Sušená biomasa spiruliny je oblíbený a hojně prodávaný potravinový doplněk. Naším cílem je sestrojit zařízení, ve kterém si budou moci uživatelé pěstovat doma vlastní biomasu a konzumovat ji tak čerstvou, což by jim mělo přinést řadu výhod – především se předejde oxidačním změnám, což zajistí jednak vyšší nutriční hodnotu a jednak vhodnější senzorické vlastnosti. Součástí výzkumu je výběr a optimalizace vhodného média, vlnové délky osvětlení, režimu kultivace (vsádková, semi-kontinuální), sklízení (filtrace) a následná analýza čerstvé biomasy a sušiny. Další součástí práce je dezintegrace buněk spiruliny. Pro člověka je sice spirulina stravitelná, ovšem některé mlékárny uvažují o jejím přidávání do fermentovaných mléčných produktů, kde by spirulina měla podporovat růst probiotických bakterií. Mléčné bakterie však nejsou schopné buněčnou stěnu rozkládat, a proto je potřeba spirulinu použít v dezintegrovaném stavu, aby biologicky aktivní složky biomasy byly pro bakterie dostupné.
|
|
---
|
Bc.
Barbora
Kolrosová
|
M1
|
doc. Dr. Ing. Michaela Rumlová
|
Funkční studie transkripčního faktoru WT1 a jeho přirozených mutantů
|
detail
Funkční studie transkripčního faktoru WT1 a jeho přirozených mutantů
Protein WT1 je transkripční faktor, který má tumor-supresorovou funkci a má zásadní význam při organogenezi ledvin. Mutace v genu kódující WT1 mají vliv na vývoj celé škály onemocnění. C-konec transkripčního faktoru WT1 obsahuje 4 zinkové prsty, které představují DNA vazebnou doménu. Mutace v těchto doménách WT1 jsou spojovány především s vývojem Wilmsova nádoru neboli nefroblastomu u dětí. Na základě klinické studie Fakultní nemocnice v Motole bylo vybráno 7 bodových mutací v oblasti zinkových prstů tohoto proteinu, které se často vyskytují u osob, jimž byl diagnostikován Wilmsův nádor. Tři vybrané mutace byly pomocí řízené mutageneze metodou EMILI vneseny do fragmentu genu wt1. Následně byly proteiny WT1 nesoucí tyto mutace rekombinantně připraveny a pomocí fluorescenční anizotropie byla porovnána jejich schopnost interagovat s cílovou nukleovou kyselinou. Tato metoda nám umožnila velice přesně porovnat vliv jednotlivých mutací proteinu WT1 na schopnost vázat specifickou regulační oblast DNA.
|
|
---
|
Bc.
Kristýna
Fialová
|
M2
|
doc. Dr. Ing. Michaela Rumlová
|
Glyciny obohacená doména Mason-Pfizerova opičího viru jako možný partner pro interakci s buněčnými proteiny
|
detail
Glyciny obohacená doména Mason-Pfizerova opičího viru jako možný partner pro interakci s buněčnými proteiny
Retroviry kódují enzym reverzní transkriptázu, která přepisuje jednořetězcovou RNA do dvouřetězcovou DNA. Tento krok je jedním z kritických bodů životního cyklu retrovirů. Mason-Pfizerův opičí virus (M-PMV) obsahuje glyciny obohacenou G-patch doménu (GPD), která je nezbytná pro infektivitu viru. Odstraněním či mutagenezí GPD se M-PMV stává neinfekčním. U těchto mutantních virů neprobíhá reverzní transkripce, a to i přesto, že aktivita reverzní transkriptázy je nezměněna. Jedním z buněčných proteinů, u něhož bylo ukázáno, že je schopen interagovat s proteiny obsahujícími GPD, je protein DHX15 (DEAH-box RNA helikáza 15). Protein DHX15 na svém C-konci obsahuje tzv. OB doménu, odpovědnou za interakci s GPD. Viry běžně využívají hostitelských proteinů pro realizaci svého životního cyklu. Během studia vzájemných interakcí buněčných a M-PMV proteinů byl ve virových částicích nalezen právě buněčný protein DHX15, zatímco ve virových částicích neobsahujících GPD tento protein identifikován nebyl. Na základě těchto dat lze spekulovat, že GPD M-PMV slouží jako vazebný motiv pro inkorporaci buněčného proteinu DHX15 do virionu, a že tato vazba probíhá právě přes jeho OB doménu. V této práci jsme se zaměřili na ověření této interakce a její vliv na infektivitu MPMV.
|
|
---
|
Bc.
Alžběta
Svobodová
|
M2
|
prof. Ing. Jan Masák, CSc.
|
Vliv anti-biofilmových agens na faktory virulence kmenů rodu Pseudomonas tvořících biofilm na titanové slitině
|
detail
Vliv anti-biofilmových agens na faktory virulence kmenů rodu Pseudomonas tvořících biofilm na titanové slitině
Pseudomonas aeruginosa je patogenní bakterie patřící mezi nejčastější původce nozokomiálních infekcí. Mikroorganismus vykazuje vysokou rezistenci vůči antibiotikům, protože je schopen tvorby odolného biofilmu a produkce řady virulenčních faktorů. Tvorba biofilmu a některých virulenčních faktorů je řízena mezibuněčnou komunikací quorum sensing (QS). Jako možná alternativa antibiotické léčby se jeví oslabení zmíněného QS systému bakterie a její virulence.
V této práci byla sledována účinnost některých netradičních anti-virulentních přístupů, vliv extraktu z modrých hroznů Vitis vinifera a vliv netermálního plazmatu (NTP) na QS (signální molekuly), biofilm modelového kmene P. aeruginosa ATCC 10145 a vybrané faktory virulence. NTP bylo generováno za atmosférického tlaku výbojem o vysokém napětí.
Biofilm a buněčná suspenze vytvořená v okolí biofilmu na nosičích ze slitiny Ti-6Al-4V byly charakterizovány stanovením metabolické aktivity buněk (MTT test) a celkového množství buněk schopných tvořit kolonie (CFU/ml). Hlubší charakterizaci nám umožnilo několik metod stanovení virulenčních faktorů a vizualizace biofilmu pomocí fluorescenční mikroskopie. Expozice bakterie NTP trvající třicet minut vyvolala pokles hladiny signálních molekul o 20 %.
|
|
---
|
Bc.
Nikola
Dulíčková
|
M2
|
doc. Ing. Olga Maťátková, Ph.D.
|
Antimikrobiální peptid LL III/43 – potenciální léčivo s antivirulenčním účinkem proti Candida albicans
|
detail
Antimikrobiální peptid LL III/43 – potenciální léčivo s antivirulenčním účinkem proti Candida albicans
Candida albicans je jako oportunní patogen schopna způsobit závažná onemocnění (kandidózy), které v nejvážnějších případech končí až smrtí. Tato onemocnění jsou často spojena s tvorbou biofilmu, nejvýznamnějším virulenčním faktorem, který významně napomáhá vzniku rezistence mikroorganismů k antibiotikům.
V rámci této práce byla jako alternativní antifungální látka použit strukturní analog LL III/43 antimikrobiálního peptidu izolovaného z jedu divokých včel ze skupiny lasioglossinů, které mají výrazný inhibiční efekt na tvorbu biofilmu a díky specifickým interakcím nepoškozují lidské buňky. Bylo porovnáno působení azolových antibiotik využívaných v léčbě kandidóz (flukonazol, klotrimazol a vorikonazol) s působením LL III/43 vůči dvěma klinickým izolátům C. albicans OL-1 a C. albicans M-1. V první řadě byl sledován jejich vliv na metabolickou aktivitu buněk biofilmu C. albicans. Bylo zjištěno, že LL III/43 (koncentrace 50 µM) snižuje metabolickou aktivitu buněk biofilmu C. albicans o 70 %. Následně bylo sledováno působení těchto látek na produkci faktorů virulence C. albicans. Aplikace LL III/43 významně snížila produkci hemolysinů, fosfolipas a proteas. LL III/43 je tedy velmi slibným alternativním léčivem v léčbě infekcí způsobených C. albicans.
|
|
---
|
Bc.
Marina
Kapisheva
|
M1
|
doc. Dr. Ing. Michaela Rumlová
|
Study of interactions of structural proteins of selected flaviviruses with nucleic acid
|
detail
Study of interactions of structural proteins of selected flaviviruses with nucleic acid
Flaviviruses are small enveloped viruses with positive-strand RNA. Genus flavivirus contains more than 70 members, including tick-borne encephalitis virus (TBEV), yellow fever virus (YFV) and Dengue virus (DENV). Diseases caused by flaviviruses have brought a significant impact on public health in the latest decades. The targeted treatment has not been discovered yet, partly due to a lack of detailed understanding of the flavivirus life cycle. One of the critical steps in this cycle is the packaging of viral genome and the formation of a nucleocapsid core. Flaviviral genome encodes three structural proteins (C, prM, and E) and seven non-structural proteins. Nucleocapsid core, composed of viral genome complexed with C protein, then buds through the membrane of endoplasmic reticulum obtaining thus a lipid bilayer coat containing prM and E proteins. Studying the mechanism of genome recognition and packaging can help discover new anti-flaviviral drugs. Using a combination of various methods such as fluorescence anisotropy, EMSA (electrophoretic mobility shift assay) and TEM (transmission electron microscopy) we study the interactions between DENV C protein and nucleic acid.
|
|
---
|
Bc.
Anna
Miškovská
|
M2
|
prof. Ing. Alena Čejková, CSc.
|
Biosyntéza nanočástic mědi a jejich interakce s bakterií Pseudomonas aeruginosa
|
detail
Biosyntéza nanočástic mědi a jejich interakce s bakterií Pseudomonas aeruginosa
V současné době se medicína potýká s problémy, které vznikají v důsledku hojného výskytu bakteriálních rezistencí k dostupným antibiotikům. Jedním z řešení těchto problémů by mohlo být využití nanočástic kovů, tedy částic kovů o rozměrech menších než 100 nm. Nanočástice mají díky vysokému poměru plochy k objemu zajímavé vlastnosti, mezi které patří také antibakteriální aktivita. V současnosti jsou připravovány třemi hlavními způsoby, a to chemicky, fyzikálně a biologicky. Biologická syntéza je ze zmíněných způsobů nejšetrnější k životnímu prostředí, a také ekonomicky nejvýhodnější. Cílem práce byla biosyntéza nanočástic mědi pomocí extraktu z vinné révy a následné stanovení jejich antibakteriálního působení na dva kmeny obávané bakterie Pseudomonas aeruginosa (ATCC 10145, ATCC 15442). Sledován byl vliv nanočástic nejen na suspenzní buňky, ale také na buňky biofilmu, u kterých byla stanovována metabolická aktivita a celkový nárůst biomasy. Optimalizací podmínek biosyntézy byly pomocí extraktu připraveny nanočástice mědi o rozměrech 2,5 ‑ 5 nm, u kterých byly prokázány antibakteriální účinky proti oběma kmenům testované bakterie.
|
|
---
|
Bc.
Andrej
Jašica
|
M2
|
Ing. Hana Stiborová, Ph.D.
|
Biotechnologický a farmakologický potenciál střevních symbiontů herbivorního hmyzu
|
detail
Biotechnologický a farmakologický potenciál střevních symbiontů herbivorního hmyzu
Väčšina herbivórneho hmyzu nie je schopná tráviť veľkú časť rastlinnej biomasy, ktorá je bohatá na antiherbivórné látky. Biodegradácie v črevách sú preto mediované bohatým spektrom intestinálnej mikrobioty (huby a baktérie). Jedným zo znakov mikrobiomu čreva, je veľká schopnosť kompetície sprostredkovaná sekundárnymi metabolitmi, ktoré majú potenciál potlačovať mikroorganizmy, ale nie zvieracieho hostiteľa a teda pravdepodobne ani človeka. Čo činí z čreva húseníc ideálny cieľ bioprospektingu pri hľadaní nových liečiv. Vzhľadom k veľkému množstvu izolovaných kmeňov húb z čriev herbivorného hmyzu (viac ako 380), boli vybrané testované kmene na základe častého výskytu a schopnosti sporulácie. U týchto kmeňov sa zisťovala schopnosť tolerancie antiherbivórnych látok (kyselina tanová, k. gallová a tannivin) pri rôznych hmotnostných koncentráciách (0,5 – 2%) v trepaných kultúrach. Pri niektorých hubách sme pozorovali veľmi nízku schopnosť tolerancie (Exobasidium sp.), iné vykazovali schopnosť tolerancie antiherbivórnych látok (Aspergillus pseudodeflectus). U kmeňu Gnomoniopsis idaeicola prítomnosť antiherbivórnej látky (2% kyselina gallová a 2% tannivin) navýšila nárast biomasy takmer dvojnásobne oproti kontrole.
![]()
|
