Nacházíte se: Studentská vědecká konference → SVK 2018

iduzel: 43887
idvazba: 48122
šablona: stranka
čas: 13.5.2024 12:06:30
verze: 5351
uzivatel:
remoteAPIs: https://cis-prihlasovadlo.vscht.cz/svk/?year=2018
branch: trunk
Server: 147.33.89.153
Obnovit | RAW

iduzel: 43887
idvazba: 48122
---Nová url--- (newurl_...)
domena: 'svk.vscht.cz'
jazyk: 'cs'
url: '/svk-2018'
iduzel: 43887
path: 1/28821/43620/28823/43889/43887
CMS: Odkaz na newurlCMS
branch: trunk
Obnovit | RAW

SVK 2018

Sborníky SVK 2018: FCHT, FTOP, FPBT, FCHI.

Termín konání SVK

V akademickém roce 2018/19 proběhla SVK ve čtvrtek 22. 11. 2018, kdy je vyhlášen Rektorský den.

Organizace SVK

Organizace SVK je zajišťována prostřednictvím děkanátů fakult. Oddělení pro vědu a výzkum (VaV) zajišťuje elektronické vydání sborníku prací a koordinaci soutěže na fakultách.

Soutěž bude probíhat v přednáškových a posterových sekcích, výběr formy je na rozhodnutí vedení fakulty.

Minimální počet prací soutěžících v každé sekci je šest, maximální počet prací v sekci není limitován. Každý student může přihlásit jednu soutěžní práci.

Na Oddělení VaV má SVK na starosti Veronika Popová, tel. 220 44 3806, veronika.popova@vscht.cz. Dotazy ohledně elektronického přihlašovacího systému směřujte na jitka.cejkova@vscht.cz.

Časový harmonogram přípravy SVK 2018

Do 1. 10. 2018 jmenuje děkan fakultního organizátora SVK a jeho jméno nahlásí děkanáty na odd. VaV. Dále jmenuje pracovníky zodpovědné za organizaci jednotlivých sekcí. Fakultní a ústavní organizátoři poté budou seznámeni s elektronickým přihlašovacím systémem na stránkách http://svk.vscht.cz.
Od 8. 10. 2018 do 22. 10. 2018 se studenti závazně přihlásí do soutěže pomocí elektronického přihlašovacího systému http://svk.vscht.cz. K přístupu do systému použijí své školní přihlašovací údaje, vyplní ročník, jméno svého školitele a název svého příspěvku. Každý student může přihlásit jednu soutěžní práci a to s vědomím svého školitele.
Fakulty na základě počtu přihlášených studentů nahlásí do 25. 10. 2018 na odd. VaV počet sekcí na fakultě a počet soutěžních prací v jednotlivých sekcích.
Do 8. 11. 2018 studenti pomocí elektronického přihlašovacího systému nahrají anotaci svojí práce (max. 1300 znaků, max. 1 obrázek rozměru 16:9, možnosti formátování jsou návodně uvedeny v přihlašovacím systému).
Do 15. 11. 2018 fakultní organizátoři v elektronickém přihlašovacím systému roztřídí všechny soutěžní práce do jednotlivých sekcí na fakultě, dále uvedou názvy sekcí, místo a čas konání a složení komisí. Složení hodnotících komisí pro jednotlivé sekce určí vedení fakulty. Komise je nejméně tříčlenná a členy z řad akademických pracovníků mohou doplnit odborníci spolupracujících firem a průmyslových podniků. Předsedou komise by měl být profesor nebo docent.
Sborníky jednotlivých fakult budou automaticky vygenerovány na základě údajů uvedených v elektronickém přihlašovacím systému.

Seznam fakultních koordinátorů

FCHT - doc. Ing. Jan Budka, Ph.D. (Jan.Budka@vscht.cz)
FTOP - RNDr. Štěpánka Smrčková, Ph.D. (Stepanka.Smrckova@vscht.cz)
FPBT - Ing. Jana Krátká, Ph.D. (Jana.Kratka@vscht.cz)
FCHI - Ing. Jitka Čejková, Ph.D. (Jitka.Cejkova@vscht.cz)

V případě dotazů ohledně SVK se obracejte na příslušné ústavní či fakultní kordinátory, popřípadě kontaktujte Veroniku Popovou z Oddělení pro vědu a výzkum (Veronika.Popova@vscht.cz). Dotazy ohledně elektronického přihlašovacího systému směřujte na Jitku Čejkovou (Jitka.Cejkova@vscht.cz).

Další informace k soutěži

U příležitosti SVK je vyhlášena soutěž o Cenu Julie Hamáčkové v kategorii Studentská práce typu SVK; vyhlášení soutěže a bližší informace na http://gro.vscht.cz/cjh
Občerstvení pro komise a soutěžící hradí ústavy z vlastních prostředků.
Organizace průběhu soutěže v sekcích je výlučně věcí rozhodnutí fakult.
Finanční příspěvek na ocenění soutěžních prací bude hrazen z prostředků dotace na specifický výzkum (IGA 2018). Jeho výše bude stanovena dohodou proděkanů a prorektora pro VaV podle celkového počtu přihlášených soutěžních prací. Oceněna bude účast a dále první tři místa v každé sekci. Výplata příspěvku studentům bude provedena bezhotovostním převodem, zajistí děkanáty fakult. Je vítána další finanční nebo věcná podpora účastníků SVK ze sponzorských zdrojů. Její výše (hodnota), způsob rozdělení a výplaty je plně v kompetenci komise sekce.
Vytištění diplomů budou zajišťovat fakulty.

SVK 2018 – vyhlášení

Nejste zalogován/a (anonym)

Přihlásit

Laboratoř informatiky a chemie (B34 - 16:00)

Předseda: Doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.
Komise: Ing. Jiří Jirát, Ph.D., Doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D., Mgr. Michal Kolář, Ph.D., MSc. Danny Bitton, Ph.D. (MSD), Mgr. Jan Pačes, Ph.D.

Čas	Jméno	Ročník	Školitel	Název příspěvku	Anotace
16:00	Mgr. Šárka Benešová	M2	doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.	Analysis of single cell RNAseq data	detail Analysis of single cell RNAseq data NG2 cells are known as progenitors of oligodenrocytes in healthy neural tissue. However, under pathological conditions they have a potential to differentiate into various cell types. After focal cerebral ischemia (FCI), NG2 cells differentiate into astrocyte-like cells which occupy slightly different area around the lesion than reactive actrocytes. This study focused on finding the differences in gene expression of reactive astrocytes and astrocyte-like cells which derived from NG2 cells after FCI in mouse model expressing markers for each of the two cell types. Single cell RNA sequencing method, together with bulk controls, provided data from which we conclude that these two cell types create at least three expressionaly different clusters. Presentation will focus mainly on approach to data analysis and results from differential expression analysis.
16:15	Bc. Kamila Clarová	M2	doc.Ing. Filip Lankaš, Ph.D.	Modelling conformational dynamics of nucleic acid DX motif	detail Modelling conformational dynamics of nucleic acid DX motif Modelling conformational dynamics of nucleic acid DX motif In the field of nucleic acid nanotechnology, DNA, RNA or hybrids of both can be used for creating a wide range of programmable building blocks for assemblies of artificial nanostructures. Nucleic acids have many interesting features, like the ability to create polymers or to self-assembly using base-base complementarity. Most importantly, they are not foreign molecules to cells. To design nanostructures with specific features, it is important to have good understanding of conformational dynamics of the individual building blocks. I will present an analysis of an artificial, non-helical structure, the so-called DX motif, widely used as a connecting element in nanostructure design. It is made of 5 interconnected strands to form a junction of four different helices. In my work I study a DNA, RNA, or hybrid DNA/RNA version of the motif. Based on atomic-resolution molecular dynamics simulations, I try to gather information on the motif structure, dynamics and mechanical properties. An important part of the project is also the development of suitable visualization tools.
16:30	Bc. Eva Matoušková	M1	doc.Ing. Filip Lankaš, Ph.D.	Structure and dynamics of DNA containing pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct	detail Structure and dynamics of DNA containing pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct Ultraviolet radiation from the Sun can produce a covalent linkage between two adjacent pyrimidine bases in DNA to form pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproduct. In my project I study two systems, each with the pyrimidine dimer in a different strand of a double-helical DNA oligomer, and two control DNA oligomers without the dimer. DNA oligomers were simulated by the molecular dynamics method with the OL15 force field for DNA and with explicit inclusion of water and ions. The DNA dynamics was analysed by measuring hydrogen bonds in the dimer and other parameters describing the structure. I also performed cluster analysis to identify separate conformational states in the simulation. The results indicate that the conformational dynamics of the dimer depends on the DNA strand in which it occurs, which can be explained by its different position in the major and minor grooves. In each case, several conformational states are observed. The structural impact of the dimer on the surrounding nucleotides is minimal and remote nucleotides are not influenced.
16:45	Bc. Anna Pavlů	M1	doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.	Computational classification of bioactivity using ligand efficiency indices	detail Computational classification of bioactivity using ligand efficiency indices Machine learning methods are one of the current strategies for the identification of novel lead compounds. Machine learning models are typically based on the prediction of ligand potencies measured by IC₅₀, EC₅₀, K_i, and K_d. However, the use of ligand potency in predictive modeling has been questioned because it does not always correlate with desirable ligand’s pharmacokinetic profile. Thus, various ligand efficiency indices (LEI), that associate compound potency with its physicochemical properties, such as a molecular weight or lipophilicity, were proposed and are widely accepted in drug design community. The aim of this work is to verify whether training based on ligand efficiency indices improves the machine learning classification of ligands into active and inactive classes.
17:00	Michal Punčochář	M1	doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.	Computer classification of human steroid receptors ligands	detail Computer classification of human steroid receptors ligands Human steroid nuclear receptors are activated by steroid hormones and function as transcription factors in the cell nucleus. They play a major role in both physiology and pathology and thus represent popular targets for various drugs. Using two publicly available databases we have put together a dataset of 9052 compounds and their activities on six human steroid receptors. We have analyzed the dataset and explored the properties of ligand promiscuity on those receptors. The second objective was to compare two multi-label models predicting the activity of molecules to see if the ligand promiscuity information could be used to enhance the classification performance.

Zpět na seznamy sekcí

Seznam všech účastníků Seznam sekcí

Zpět na seznam ústavů

Aktualizováno: 4.5.2020 16:35, : Jitka Čejková

SVK 2018

Sborníky SVK 2018: FCHT, FTOP, FPBT, FCHI.

Termín konání SVK

Organizace SVK

Časový harmonogram přípravy SVK 2018

Seznam fakultních koordinátorů

Další informace k soutěži

Laboratoř informatiky a chemie (B34 - 16:00)

Analysis of single cell RNAseq data

Modelling conformational dynamics of nucleic acid DX motif

Structure and dynamics of DNA containing pyrimidine-pyrimidone (6-4) photoproduct

Computational classification of bioactivity using ligand efficiency indices

Computer classification of human steroid receptors ligands