|
---
|
Bc.
Magdaléna
Vydrová
|
M2
|
Ing. Michal Strejček, Ph.D.
|
Charakterizace nových environmentálních izolátů rodu Cellulomonas
|
detail
Charakterizace nových environmentálních izolátů rodu Cellulomonas
S narůstajícím počtem celogenomových sekvencí dochází nejen k velmi častým taxonomickým reklasifikacím mikroorganismů, ale rovněž k rozkolům mezi klasickou taxonomií (ICNP) a taxonomií založenou na genomických datech (GTDB). Tato situace nastává například u rodu Cellulomonas, ubikvitního v životním prostředí, jehož vybraní zástupci disponují biotechnologickým potenciálem. Některé druhy tohoto rodu vykazují enzymatickou aktivitu umožňující rozklad celulosy a hemicelulosy, jako je tomu například u zástupce C. flavigena. Tato práce se zabývá tímto rodem a enzymatickým potenciálem jeho nově izolovaných zástupců. Jedním z cílů je provedení celogenomové analýzy fylogeneticky nových zástupců a jejich následné taxonomické zařazení. Rovněž je ověřována enzymatická aktivita izolovaných zástupců jak predikcí za využití bioinformatických nástrojů, tak experimentálně. Z dosavadních výsledků je patrná celulolytická aktivita u vybraných izolátů rodu Cellulomonas, jež byly získány z prostředí rašelinišť. Zároveň byla provedena celogenomová analýza fylogeneticky nového izolátu, která naznačuje existenci zcela nového rodu čeledi Cellulomonadaceae.
|
|
---
|
Bc.
Lucie
Sytařová
|
M2
|
Ing. Hana Sýkorová, Ph.D.
|
Charakterizace kmenů Bacillus cereus izolovaných ze vzorků rýže
|
detail
Charakterizace kmenů Bacillus cereus izolovaných ze vzorků rýže
Bacillus cereus je vzhledem ke schopnosti tvorby velmi odolných endospor často spojován s bezpečností potravin. Vybrali jsme 15 různých rýží dostupných v běžné obchodní síti České republiky. Ve všech sledovaných vzorcích byla potvrzena přítomnost spor Bacillus cereus. Pokud je kontaminovaná rýže uvařená a nesprávným způsobem skladovaná, endospory vyklíčí ve vegetativní buňky, které mohou produkovat různé toxiny. Tyto toxiny následně mohou konzumentovi způsobit různá alimentární onemocnění. Nicméně ne všichni zástupci skupiny Bacillus cereus disponují všemi toxiny. Pomocí PCR cílené na detekci genů pro vybrané toxiny jsme zmapovali toxigenní potenciál souboru kmenů zařazených do skupiny Bacillus cereus izolovaných z různých rýží. Následně jsme se zaměřili na genotypizaci těchto izolátů pocházejících z rýží z různých částí světa s cílem určit jejich příbuznost. Využili jsme k tomu různé genotypizační techniky (REP‑PCR, RAPD‑PCR, BOX‑PCR, ERIC‑PCR). Předmětem práce také bude vzájemné porovnání jednotlivých genotypizačních technik s důrazem na jejich rozlišovací schopnost v rámci značně homogenní skupiny Bacillus cereus.
|
|
---
|
Bc.
Václav
Borůvka
|
M2
|
Ing. Hana Stiborová, Ph.D.
|
Interakce nanodiamantů s bakteriemi
|
detail
Interakce nanodiamantů s bakteriemi
Cílem této práce je analyzovat vliv nového druhu nanodiamantů na růst bakterií a na schopnost bakterií tvořit biofilm. Použitým materiálem jsou nanokompozity nanodiamantů s nanočásticemi stříbra vázanými chitosanem (ND). Byly analyzovány čtyři druhy ND o velikosti 18 nm a 125 nm, s oxidovaným nebo hydrogenovaným povrchem, v roztoku o koncentraci 0,1 mg/ml. Interakce byly testovány pro bakterie Bacillus cereus, Staphylococcus aureus, Staphylococcus intermedius a Escherichia coli.
Nejprve byla stanovena schopnost ND inhibovat růst bakteriální kultury v suspenzi, následně schopnost inhibice tvorby biofilmu a eradikace již narostlého biofilmu. Bylo vyzkoušeno několik metod detekce tvorby biofilmu. Metoda barvení krystalovou violetí se prokázala jako nepřesná z důvodu interakcí barviva s chitosanem obsaženým v nanokompozitu, místo toho byla použita metoda sonikace a stanovení KTJ.
Dosavadní výsledky ukazují výrazně vyšší schopnost inhibice růstu bakterií u ND s hydrogenovaným povrchem. ND o velikosti 18 nm vykazují vyšší inhibici růstu bakterií i tvorby biofilmu než ND o velikosti 125 nm. Další postup práce by měl směřovat k určení schopnosti ND eradikovat již narostlý biofilm, objasnění mechanismu působení vybraných ND a prozkoumání závislosti účinnosti ND na jejich koncentraci.
|
|
---
|
Bc.
Denisa
Vondrová
|
M2
|
Ing. Hana Michova, Ph.D.
|
Sociální život Aeromonas schubertii: Charakterizace růstu, tvorby biofilmu a produkce signálních molekul
|
detail
Sociální život Aeromonas schubertii: Charakterizace růstu, tvorby biofilmu a produkce signálních molekul
Aeromonas schubertii je relativně málo prostudovaný, ale celosvětově významný zástupce rodu Aeromonas. Jedná se o volně žijící gramnegativní tyčinky, které díky své mimořádné adaptabilitě osidlují pestrou škálu vodních ekosystémů a kolonizují především studenokrevné vodní živočichy. Zatímco některé druhy Aeromonas mohou vystupovat jako prospěšní symbionti, A. schubertii je patogen schopný decimovat rybí chovy a způsobovat tak významné ekonomické ztráty. V posledních letech jsou aeromonády hlášeny i jako původci gastroenteritid, ale také septikémií a dalších závažných onemocnění člověka. Na adaptaci k prostředí a kolonizaci hostitele se velkou mírou podílí procesy zajišťující sociální život bakterií, mezi něž patří schopnost tvořit biofilm a aktivní mezibuněčná komunikace prostřednictvím signálních molekul. Cílem práce je tyto procesy charakterizovat. U vybraného kmene byla vizualizována morfologie buněk v závislosti na růstové fázi pomocí SEM, určena produkce signálních molekul N-acyl homoserin laktonů (AHL) s využitím HPLC-MS a stanoveno relativní množství biofilmu produkovaného za různých kultivačních podmínek pomocí barvení krystalovou violetí. Dále byl zkonstruován mutant s delecí AHL synthasy, který umožní identifikovat buněčné procesy regulované AHL molekulami.
|
|
---
|
Bc.
Adéla
Zrnová
|
M2
|
Ing. Sabina Purkrtová, Ph.D.
|
Identifikace bakterií čeledi Bacillaceae
|
detail
Identifikace bakterií čeledi Bacillaceae
Kontaminace archiválií bakteriemi může vést k jejich biodegradaci. Pro vývoj strategií na jejich ochranu je klíčové studium přítomného mikrobiomu včetně izolace a identifikace bakteriálních kmenů. Cílem práce je identifikace 35 vybraných bakteriálních izolátů ze vzorků fotografických a kinematografických materiálů, jejichž identifikace metodou MALDI-TOF MS (metoda první volby) nebyla dostatečně spolehlivá. Tyto izoláty byly proto identifikovány metodou sekvenace genu pro 16S rRNA. Pro PCR amplifikaci byly použity univerzální primery W001 a W002, jimž odpovídající PCR amplikon (1500 bp) zahrnuje celou sekvenci genu pro 16S rRNA. Spolehlivě sekvenované úseky, porovnávané s referenčními databázemi, byly však dlouhé pouze 500 – 800 bp. U rodů čeledi Bacillaceae (63 % izolátů), jako rody Bacillus a nově zavedené rody jako Mesobacillus nebo Peribacillus, byla výzvou obtížná identifikace na úrovni druhu z důvodu minimálních rozdílů sekvenovaných úseků genu pro 16S rRNA mezi některými druhy. Pro zhodnocení přínosu úpravy sekvenačního protokolu byla provedena analýza celkové diverzity genu pro 16S rRNA mezi jednotlivými druhy. Dále byl proveden výběr dalších konzervovaných genů pro identifikaci na základě genotypu a výběr biochemických testů pro identifikaci na základě fenotypu.
|
|
---
|
Bc.
Maksym
Bilozerskyi
|
M1
|
prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.
|
Interakce bakterií a kompozitu na bázi nanodiamantu a stříbra
|
detail
Interakce bakterií a kompozitu na bázi nanodiamantu a stříbra
Kmeny bakterií rezistentní k antibiotikům a dezinfekčním prostředkům se rozšířili na globální úrovni a představují značný problém pro veřejné zdravotnictví a farmaceutický sektor. V této souvislosti se zkoumají slibné nanokompozity na bázi nanodiamantů a stříbra, které by mohly mít nejen antibakteriální účinky, ale také potenciál pro využití v biosenzorice a při cíleném podání léčiv. V presentované práci byly zkoumány hydrogenované a oxygenované nanokompozity o dvou velikostech, s/bez stříbra. Na vybraných grampozitivních a gramnegativních kmenů bakterií byla prokázaná inhibiční schopnost hydrogenovaného kompozitu se stříbrem již v koncentraci 0,1 mg/ml, naopak oxygenované kompozity nevykazovaly žádnou významnou inhibiční schopnost. Více pozornosti bylo věnováno analýze vztahů mezi inhibičními schopnostmi nanokompozitů, jejich stabilitou a velikostí částic, což bylo sledováno pomocí metod DLS a FT-IR. Další výzkum bude zaměřen na podrobnější popsání mechanismu antibakteriální aktivity, stability vzorků v různých prostředích, stanovení MIC, vliv účinných koncentraci na bakteriální proliferaci a biokompatibilitu.
|
|
---
|
Bc.
Katarína
Lazoriková
|
M2
|
Ing. Eva Šviráková, Ph.D.
|
Zdravotní mikrobiologická bezpečnost nealkoholických nápojů
|
detail
Zdravotní mikrobiologická bezpečnost nealkoholických nápojů
Přestože nealkoholické nápoje patří mezi bezpečné výrobky, během jejich výroby, skladování nebo distribuce může docházet k nežádoucí mikrobiální kontaminaci s následným kažením a případným vznikem zdravotních problémů u konzumentů. Proto je zajištění jejich zdravotní mikrobiologické bezpečnosti věnována zvýšená pozornost. Na kontaminaci nápojů se často podílejí acidotolerantní bakterie. K obávaným patří Asaia bogorensis a Asaia lannensis mající statut semipatogenních bakterií. K účinným cestám jejich eliminace se nabízí použití přírodní antibakteriálně aktivní látky – chitosanu. Cílem této práce je zjistit toleranci vybraných kmenů Asaia lannensis k chitosanu (0; 0,2; 0,5, 1,0 a 1,5 hm. %), a to v modelových kultivačních bujónech (s využitím laboratorního bioreaktoru RTS–8), a také v modelových ovocných sirupech během skladovacích pokusů (s využitím laboratorního denzitometru Densi-la-meter II). Na základě uskutečněných experimentů bylo konstatováno, že se zvyšující se koncentrací chitosanu docházelo k redukci růstu testovaných bakterií, a že chitosan vykazoval pouze bakteriostatický účinek. Získané výsledky mohou být využity v nápojářském průmyslu, zejména při výrobě ovocných sirupů, při cílené eliminaci nežádoucích bakterií Asaia lannensis s využitím potenciálu chitosanu.
|
